沖縄本島北部東村に位置する。沖有銘湾に注ぐ流路延長 3.5km、流域面積 7.27km2 の普通河川。下流域には、沖縄本島内で2番目の広さのマングローブ群落を持つ。「慶佐次湾のヒルギ林」は国の天然記念物。しかし、慶佐次川は現在様々な問題を抱えている。昭和30年以降から始まった大規模農地開発、そして本土復帰以降の周辺農地や畜舎等の整備による赤土・汚水等の流出の影響で、下流域のマングローブ群落に土砂堆積が進行し、水質悪化も踏まえマングローブのさらなる衰退が予想されている。また、砂防ダムや河川横断施設の建設による水生生物の生息地の減少、外来種侵入による河川生態系の悪化についても懸念されている。現在「慶佐次川自然環境再生協議会 」により自然環境の再生が展開されている。

やんばるエリアの国道沿いにあり、無料駐車場もあるのでアクセスしやすいです。通りかかったらぜひ訪れるのをお勧めします。国道より上流からすぐマングローブの群落があり、カヤックツアーに参加しなくても散策路があり陸から観察できます。国道より下流の海側は干潟になっていて保護対象のマングローブが無いので釣りをしている人もいてのどかな雰囲気です。